Het is weer eens chaos in mutantenland en zoals zo vaak mogen de X-Men het weer oplossen. Dit keer is het de vader van alle mutanten “Apocalypse” die voor de nodige ellende zorgt. Samen met Magneto, Storm, Psylocke en Archangel wil hij de aarde schoonvegen en de mutanten weer laten heersen. Gelukkig zijn Charles Xavier en zijn X-Men het hier niet mee eens en gaan de strijd aan om de aarde van de ondergang te redden. Dat belooft dus een mutanten oorlog te gaan worden die zijn weerga niet kent.